V poslední době jsme přešli ve firmě z Eclipse PDT 2.0 na Zend Studio 6.1.1, přechod byl víceméně bezbolestný, ale pár drobností mě trápilo, vše jsem ale pořešil zatím k mojí spokojenosti.
Pokud to neuděláte takto jde to udělat ručně modifikací souboru .project.
V Navigator otevřít .project a provést úpravy
nahradit (z .project PHP projektu)
Pokud máte více repository locations v Eclipse a používáte Subversive (SVN client pro Eclipse používaný také v Zend Studiu) lze celé nastavení vyexportovat z PDT a naimportovat v Zend Studiu.
Run → External Tools → External Tools configurations